Dans la colonie stellaire la plus éloignée de la Terre, le duché de Zeon, qui aspire à l'indépendance, déclare la guerre aux forces fédérales terriennes. Alors qu'en un mois la moitié des combattants de chaque camp a trouvé la mort, laissant les populations civiles dans le désarroi, les ennemis se surveillent mutuellement afin de découvrir quels nouveaux Mobile suit sont développés en secret.