La suite des aventures de Jotaro Kujo, qui à la fin des années 1990 recherche son oncle, fils illégitime d'un précédent Jojo. Au cours de son périple, il se lie d'amitié avec un lycéen, Josuke Higashikata, qui est justement celui qu'il cherche. Jotaro le met en garde contre un manieur de Stand qui se cache dans sa ville.