La France et les pays du Refuge huguenot de la deuxième moitié du XVIIe siècle sont marqués par la politique religieuse de Louis XIV. Cette thèse adopte une double perspective et vise d'un côté à décrire la politique de réunion confessionnelle du Roi-Soleil et de ses conseillers et de l'autre, à partir de l'exemple de Claude Brousson (1647-1698), la résistance des huguenots au Refuge et au sein du protestantisme clandestin.

Du point de vue royal, la Révocation de l'Édit de Nantes de 1685 n'est qu'une étape dans le processus ayant pour objet de faire des mauvais convertis de bons catholiques. Les vingt dernières années du XVII siècle sont marquées e par une politique d'obligation confessionnelle dont les effets se font sentir dans toutes les provinces, notamment en Languedoc.

Brousson résiste à cette politique, d'abord en tant qu'avocat de la Chambre mi-partie, dans le contexte du projet de Toulouse, puis comme député des réfugiés en Suisse, dans l'Empire et aux Provinces-Unies et enfin dans son rôle de pasteur du Désert et d'organisateur de l'Église sous la Croix .

Cette thèse s'appuie sur un grand nombre de sources imprimés et manuscrits conservés dans des bibliothèques et archives en France, Suisse, Allemagne, Angleterre et aux Pays-Bas. Les sources sont d'une part des actes royaux, la correspondance des différents conseillers royaux et des bons du Roi qui témoignent de l'implication directe du Roi Très-Chrétien et d'autre part les écrits manuscrits et imprimés de Brousson, dont certains sont présentés et/ou analysés pour la première fois.