Directeur d'un orphelinat qui accueille des enfants magiques sur l'île de Marsyas, Arthur Parnassus mène une vie heureuse auprès de Linus Baker, ancien assistant social du ministère de la Jeunesse magique. Lorsqu'il est contraint de témoigner sur la maltraitance dont il a été victime dans son enfance, il lui faut faire preuve de courage pour ne pas mettre en péril tout ce qu'il a construit.