Jean-Noël Guinot est l'un des meilleurs spécialistes de l'exégèse patristique, principalement antiochienne. C'est à son principal représentant, Théodoret de Cyr, qu'il a consacré sa thèse et de nombreux travaux, parmi lesquels l'édition de son Commentaire sur Isaïe. Il a été chercheur pendant vingt-cinq ans au sein de l'équipe des Sources chrétiennes et a dirigé la collection du même nom de 1994 à 2006.